Man muß annehmen, daß die inneren Erlebnisse Cusas, das an Abgründen sich hinwälzende Ringen seiner Gedanken, das sein Leben erfüllte, während des Konzils begann, dessen Verlauf den stolzen Erwartungen seiner Begründer nicht entsprach. Trotz der vorzüglichen Eigenschaften des das Konzil leitenden Kardinals Cesarini brachten es die versammelten Väter nicht zu einmütigen, starken Beschlüssen, wovon die Folge war, daß bei manchen der Konzilsgedanke ins Wanken kam, und dagegen die Ansicht sich festsetzte, daß die Herrschaft eines einzigen fruchtbarer für die Kirche sei als die Herrschaft vieler unverträglicher Prälaten. Nikolaus von Cusa war der erste von den Freunden, der zur Partei des Papstes überging. Der Glaube, die Grundlage des menschlichen Lebens, so schien es ihm nun, dürfte nicht der schwankenden Meinung einer vielköpfigen Versammlung preisgegeben werden. Gewißheit des Glaubens sei wichtigstes Erfordernis, und die gewähre die Überlieferung der Kirche durch die Autorität eines einzigen gehütet. Nur ein einzelner könne ganz eins sein mit dem System, das er vertrete. Die Freiheit, die er sich gewährt hatte, führte ihn zur unbedingten Unterwerfung unter das monarchische Papsttum. Immerhin vergaß Cusa nicht, wie verderbt die Kirche war; gerade weil sie den Menschen gleich Gott sein sollte, mußte sie gereinigt, zu früherer Vorbildlichkeit zurückgeführt werden. Die notwendige Reform durchzuführen betrachtete er nun als seine Aufgabe, die er durch Predigt und durch Beispiel mit außerordentlicher Selbstverleugnung zu erfüllen suchte. Er war hart gegen sich, um es mit Recht gegen andere sein zu dürfen. Niemals äußerte sich bei ihm jene Frömmigkeit, die sich von einer liebenden Allmacht getragen fühlt; seine Überzeugung war unerschütterlich, aber ohne Freudigkeit, zuweilen war in seinem Auftreten etwas Verbissenes. Viel Erfolg hatten seine Bemühungen um Reform des Klerus nicht. Aus den Kreisen der Geistlichkeit selbst wagte es einer, ihm eine schriftliche Drohung vor die Tür zu legen; er dürfe ihnen nicht Laster und Ausschreitungen zum Vorwurf machen, die von den Häuptern straflos begangen würden.
Länger als Cusa blieb Piccolomini der Sache des Konzils treu, ja, als sechs Kurfürsten die deutsche Kirche für neutral im Kampfe zwischen Papst und Konzil erklärten, trat er dagegen auf, während Gregor von Heimburg den Beschluß billigte. Der gerade von den Deutschen so leidenschaftlich erstrebten gründlichen, umfassenden Reformation der Kirche wurde die Spitze abgebrochen durch Konkordate mit den einzelnen Nationen und Fürsten, namentlich durch die im Jahre 1438 zwischen Frankreich und dem Heiligen Stuhle abgeschlossene sogenannte pragmatische Sanktion, welche seitdem als die Bürgschaft französischer Kirchenfreiheit galt. Obwohl Frankreich nun das Konzil verwarf, ging der Kampf noch mehrere Jahre weiter, und eine Reihe deutscher Fürsten, an der Spitze die geistlichen Kurfürsten, hielten an der Forderung eines unabhängigen Konzils fest.
Ein neuer Umschwung in den Beziehungen der Freunde fand statt, als Enea Silvio, der als Sekretär des Konzil-Papstes Felix nach Frankfurt kam, diesen Gegenpapst des römischen verließ, um in den Dienst Kaiser Friedrichs III. zu treten, von seinem neuen Herrn nach Rom geschickt für Papst Eugen gewonnen wurde und von nun an ebenso wie Nikolaus von Cusa, wenn auch aus ganz anderer Gesinnung, mit allen Kräften den Kaiser dahin zu beeinflussen suchte, daß er sich wieder in den Gehorsam des Papstes begebe. Der gebildete Humanist konnte, ohne sich Gewalt anzutun, sich in jede Richtung fügen, die für ihn selbst günstig war und im allgemeinen aussichtsvoll schien. Einzig Gregor von Heimburg änderte seine antipäpstliche, reformatorische Gesinnung nicht, und da er eingesehen hatte, daß auf dem Wege der Neutralität nichts zu erreichen war, benutzte er den Augenblick, da mehrere angesehene deutsche Fürsten mit ungewöhnlicher Energie die Ansprüche des Reiches gegen den Papst zu erheben sich anschickten. Er veröffentlichte, allerdings nicht unter seinem Namen, die Admonitio de injustis usurpationibus paparum Romanorum, eine leidenschaftliche Anklage, in der Sätze von reformatorisch-ketzerischer Wucht überraschend aufblitzen; nicht nur, daß er den Primat des Papstes verwirft, er verwirft Zwang in Glaubenssachen als dem göttlichen Gesetz zuwider, er nimmt und verlangt Beweise aus der Heiligen Schrift.
Da, als der Streit dahin führte, daß der Papst die Erzbischöfe von Trier und Köln absetzte, die Fürsten die Absetzung nicht anerkannten, vielmehr die Berufung eines neuen Konzils forderten, gelang es der päpstlichen Partei, die Einmütigkeit ihrer Gegner durch ein Mittel zu sprengen, das in Deutschland selten versagte, durch Bestechung mit Geld. Zweitausend Goldgulden genügten, um den Kanzler des Erzbischofs von Mainz zu kaufen, 210 000 Dukaten wurden an den Kaiser gewendet. Nachdem dies Geschäft im Jahr 1447 abgeschlossen war, wurde dem sterbenden Papste Eugen im Namen von Kaiser und Reich die Obedienz erklärt, um die er während seiner ganzen Regierungszeit so mühsam gekämpft hatte. Sein Nachfolger, Nikolaus V., machte Nikolaus von Cusa zum Kardinal und verlieh Enea Silvio Piccolomini das Bistum Triest, diejenigen belohnend, die das meiste zur Unterwerfung des empörten Reiches getan hatten.
Gregor von Heimburg hatte sich von keinem Sieger Dank und Lohn verdient, er blieb der schlichte Syndikus des Rates der Stadt Nürnberg, hatte aber als solcher bald neue Gelegenheit, seinen Rittersinn auf weithin sichtbarer Bühne zu betätigen. Bei den Bemühungen, ihren Grundbesitz zu erweitern, stieß die Stadt Nürnberg auf den Widerstand eines fürstlichen Nachbarn, des Markgrafen Albrecht Achilles von Brandenburg, der einen bedeutenden Anteil an allen Reichsfragen nahm und sich nach Art vieler Deutschen der damaligen Zeit in den Krieg wie in ein Fest stürzte, wo man sich berauschte und austobte. Er sagte Nürnberg Fehde an, siegte in vielen Schlachten und wollte Frieden nur gegen Zahlung einer unverhältnismäßig großen Summe gewähren. Als der Streit vor das kaiserliche Hofgericht kam, berief er sich auf ein Gesetz der Goldenen Bulle, wonach Fürsten nur von ihresgleichen könnten vorgeladen werden. Die Entrüstung über diese Dreistigkeit befeuerte Heimburg zu einer schneidenden Rede. Hätte dies Gesetz Gültigkeit, sagte er, so wäre die Gerechtigkeit unter uns vernichtet, so wäre nichts mehr da, was man Römisches Reich nennen könnte. »Denn dieses einzige Gesetz ist es, das alle anderen Gesetze aufhebt, das Reich zerstört, die Völker unterdrückt, fast unzählige Tyrannen unserem Nacken aufbürdet. O blindes, unvernünftiges Deutschland, daß du dich weigerst einen Kaiser anzuerkennen und dich tausend Herren unterwirfst! Denn was ist es anders, wenn ein Fürst nicht vorgeladen werden darf, als daß jeder in seinem Lande Kaiser ist? Über 600 Jahre waltet über uns das Kaisertum; wenn schon in engere Grenzen eingeschlossen, so haben wir länger die Herrschaft geführt als Griechen und Römer; vielleicht ist nun das Ende unseres Ruhmes da, wie Gott ja keine Macht auf Erden ewig währen läßt. Ich fürchte, ich fürchte, es kommen andere und nehmen uns Land und Leute hinweg, denn es ist bekannt, daß Ungerechtigkeit König- und Kaiserreiche zerstört, von Volk zu Volke übergehen macht. In unseren Händen ist das Reich geschwächt worden und vernichtet. Unsere Nation, zerrissen und zerschlagen, findet zu keiner Stunde Ruhe, überall ertönt Kriegslärm, nirgends ist Sicherheit, jedermann lebt vom Raube … Das ist die Folge unbilliger Gesetze. Das ist es, was die Ungerechtigkeit der Fürsten erzeugt, welche, indem jeder von ihnen als Kaiser sich benimmt, das Kaiserreich zugrunde gerichtet haben.« Diese Rede, die noch heute, nach fast 500 Jahren, uns trotz der unvermeidlichen lateinischen Rhetorik bewegen kann, bewegte von den anwesenden Fürsten nur drei; den Markgrafen von Baden und die Bischöfe von Regensburg und Eichstätt. Der Kaiser setzte diesem wie jedem Ansturm seine monumentale Stumpfheit entgegen und befreite sich von der unangenehmen Sache durch Aufschub. Nürnberg blieb nichts übrig, als sich der fürstlichen Erpressung zu unterziehen.
Der Streit um das Bistum Brixen