Diese Dokumentation beinhaltet eines der schlimmsten Kapitel der katholischen Kirche. Papst Johannes Paul II. bekennt sich zu dem wohl düstersten Kapitel der Kirchengeschichte. Er gewährt Forschern Zugang zu den Archiven der Inquisition, lässt Galileo Galilei 1992 rehabilitieren und legt im Jahr 2000 ein öffentliches Schuldbekenntnis für die von Kirchenvertretern verübte Gewalt und für «Methoden der Intoleranz» ab. Zahllose menschliche Schicksale aus dieser Zeit finden sich in den Geheim-Dossiers des «Heiligen Offizium», das bis Ende des 20. Jahrhunderts verschlossen war. Mit aufwändigen Recherchen zeigt diese Dokumentarreihe die Schrecken religiöser Verblendung und gnadenloser Machtpolitik. Ketzer-, Hexen-, Juden-, Protestantenverfolgung und Kindesentführung sowie die Rolle der Päpste werden beleuchtet.