в октябре 1923 г.направлен на учебу на курсы «Выстрел». После ее окончания в августе 1924 г. назначен пом. начальника Объединенной военной школы им. В. И. Ленина в г. Ташкент. С августа 1925 г. исполнял должность начальника Объединенной военной школы им. В. И. Ленина в г. Ташкент. С октября 1925 по июль 1927 г. учился на КУВНАС в Москве, по окончании которых был направлен в САВО на должность командира 1-го Туркестанского стрелкового полка в г. Ашхабад. С 30 июня 1927 г. командир 1-го Туркестанского стрелкового полка в г. Ашхабад. Приказом РВС СССР № 101-1928 г. он награжден орденом Красного Знамени. С июня 1929 г. командовал 5-м Туркестанским стрелковым полком в г. Фергана. С марта 1930 г. служил начальником 5-го отдела штаба Среднеазиатского военного округа. С октября 1930 по октябрь 1931 г. проходил переподготовку на КУВНАС при Военной академии РККА им. М. В. Фрунзе. С 15 ноября 1930 г. помощник командира 10-й стрелковой дивизии. С 3 декабря 1932 г. командир 56-й Московской Краснознаменной дивизии в г. Псков. С 31 августа 1935 г. заместитель начальника штаба ЛВО. С ноября 1936 г. вступил в командование 7-м механизированным корпусом в г. Петергоф. В феврале 1938 г. комдив М. Ф. Букштынович был отстранен от должности и находился в распоряжении Управления по комначсоставу РККА. 1 сентября 1938 г. арестован и находился под следствием органов НКВД. Приговором Военного трибунала от 28 мая 1939 г. осужден по ст. 58, пп. 7, 8 и 11, к 15 годам ИТЛ с поражением в избирательных правах на 5 лет. Наказание отбывал в ИТЛ в г. Марьино Новосибирской обл. С началом Великой Отечественной войны Постановлением Президиума Верховного Совета СССР 28 ноября 1942 г. М. Ф. Букштынович был досрочно освобожден. В декабре зачислен в распоряжение ГУК НКО, затем Военного совета Калининского фронта, а 31 декабря ему было присвоено воинское звание «полковник». С января 1943 г. он исполнял должность зам. командира 367-й стрелковой дивизии 3-й ударной армии Калининского фронта. Командир дивизии полковник А. Л. Кроник в феврале 1943 г., характеризуя его работу, отмечал: «В дивизию прибыл 8-го января 1943 г. и в тот же день приступил к руководству сложной операцией по ликвидации сильно укрепленного пункта противника – Велико-Лукской крепости. В этой операции тов. Букштынович проявил себя мужественным командиром, хорошо знающим военное дело…» С апреля 1943 г. полковник М. Ф. Букштынович командовал 28-й стрелковой дивизией в составе 3-й ударной армии Калининского фронта. В октябре 1943 г. части дивизии успешно действовали в Невельской наступательной операции и при освобождении г. Невель, за что ей было присвоено почетное наименование «Невельская». С ноября 1943 г. командир 100-го стрелкового корпуса, который в начале 1944 г. принимал активное участие в Ленинградско-Новгородской наступательной операции. В феврале 1944 г. он переводится командиром 19-го стрелкового корпуса. В составе 10-й гвардейской армии 2-го Прибалтийского фронта участвовал с ним в Режицко-Двинской и Мадонской наступательных операциях. С августа 1944 г. до конца войны М. Ф. Букштынович занимал должность начальника штаба 3-й ударной армии в составе 2-го Прибалтийского и 1-го Белорусского фронтов. Непосредственно участвовал в планировании и организации боевых действий