Советского Союза (24.07.1936), Полный кавалер ордена «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» (25.05.1987), Лауреат Государственной премии СССР (1970), кавалер наибольшего числа орденов СССР (21 орден СССР и 1 орден РФ). В 9 лет остался сиротой. Бродяжничал, затем воспитывался в интернате. С 1921 работал строительным рабочим на Сибирской железной дороге. В 1920 —1924 годах учился в Омской профтешколе. В марте 1926 года добровольцем вступил в Красную Армию. Окончил Ленинградскую военно-теоретическую школу ВВС, а в 1928 – Первую военную школу лётчиков имени А. Ф. Мясникова. С июня 1928 года служил младшим лётчиком и старшим лётчиком в 20-м отдельном авиаотряде ВВС Московского военного округа. С июля 1930 года служил в Научно-испытательном институте ВВС – лётчик-инструктор испытательного отдела боевого применения, с мая 1931 – старший инструктор-лётчик, с июня 1933 – командир корабля авиабригады при институте. Провёл ряд испытательных работ на самолётах-истребителях, участвовал в отработке методов «слепых» полётов и посадок. С ноября 1934 учился на инженерном факультете Военно-воздушной академии РККА имени профессора Н. Е. Жуковского, но уже в феврале 1935 года после досрочного окончания первого курса отобран для осуществления рекордного перелёта и приступил к тренировкам, прекратив учёбу. 20 августа 1935 года вторым пилотом в составе экипажа С. А. Леваневского участвовал в попытке трансарктического перелёта на самолёте АНТ-25, прерванного из-за технических неполадок. После этого продолжил дальнейшие испытания АНТ-25. 20—22 июля 1936 года на самолёте АНТ-25 в качестве второго пилота (командир – В. П. Чкалов, штурман – А. В. Беляков) совершил беспосадочный перелёт из Москвы через Северный Ледовитый океан и Петропавловск-Камчатский на остров Удд (ныне – остров Чкалова в устье Амура) протяжённостью 9,374 км (полётное время 56 ч. 20 мин). За мужество и героизм, проявленные при выполнении этого перелёта, Байдукову Георгию Филипповичу 24 июля 1936 года присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина. 14 мая 1937 года вместе со вторым пилотом Н. Г. Кастанаевым на самолёте ДБ-А установил мировой авиационный рекорд скорости полёта на 2000-км в замкнутом маршруте с грузом 5000 кг, равный 280,246 км/ч. 18—20 июня 1937 года на самолёте АНТ-25 в составе того же экипажа совершил беспосадочный перелёт Москва – Северный полюс – Ванкувер (штат Вашингтон , США) протяжённостью 8 504 км. С ноября 1937 – лётчик-испытатель авиационного завода № 22 в Москве, испытывал серийные бомбардировщики СБ и Пе-2, принимал участие в испытаниях самолёта ДБ-А. Участвовал в советско-финской войне с 27 декабря 1939 по март 1940 году командиром авиагруппы бомбардировщиков ДБ-3 в составе 85-го бомбардировочного авиационного полка ВВС Северо-Западного фронта. После подписания перемирия с Финляндией вернулся к испытательной работе на том же авиационном заводе. Вскоре после начала Великой Отечественной войны, в августе 1941 года, был направлен в командировку в США по вопросу приобретения американских самолётов. С ноября 1941 года – заместитель командира 31-й смешанной авиационной дивизии. С ноября 1941 – в действующей армии: заместитель командира 31-й САД (Калининский фронт), в феврале – марте 1942 – командир 31-й САД, с марта 1942 – командующий ВВС 4-й ударной армии, с мая 1942 – командир 211-й