1941 г. дивизия в составе корпуса была подчинена 21-й армии Группы армий резерва Ставки ГК, затем включена в 63-й стрелковый корпус комкора Л. Г. Петровского и уже в первых числах июля вступила в бои с наступавшими частями противника. Войска армии в это время в ходе Смоленского сражения отразили наступление немецко-фашистских войск под Рогачёвом и Жлобином и, нанеся контрудар, 13 июля освободили их. Части дивизии совместно со 167-й стрелковой дивизией корпуса решительной атакой отбросили противника, форсировавшего Днепр. Однако в ходе этих боев противнику удалось окружить далеко продвинувшиеся в ходе наступления на Бобруйск части корпуса, в окружении оказалась и 61-я стрелковая дивизия. В этих тяжелых условиях капитан В. А. Кувшинников вступил в должность начальника оперативного отделения штаба дивизии и воевал с ней в составе 21-й армии на Центральном и Брянском (с 25 февраля) фронтах. На основании Директивы Генштаба Кр. армии от 19.9.1941 дивизия была расформирована, а В. А. Кувшинников в октябре назначен командиром 443-го запасного стрелкового полка Брянского фронта. С ноября исполнял должность начальника 5-го, а с февраля 1942 г. 1-го (оперативного) отделений штаба 283-й стрелковой дивизии. В ходе контрнаступления под Москвой с 11 декабря 1941 г. ее части в составе 3-й армии принимали участие в Елецкой наступательной операции и освобождении г. Ефремов. Продолжая наступление, они к 29 декабря вышли к р. Зуша и захватили плацдарм на ее западном берегу северо-западнее г. Новосиль. С 16 января 1942 г. дивизия находилась в резерве 3-й армии. В течение февраля – марта она провела 3 частные операции по захвату плацдармов на реках Зуша и Ока в районах Бабенково, Чегодаево, Хмелевое, Кривцово и Тимцы (Орловской обл.). С 19 мая ее части перешли к обороне на главном направлении армии в полосе Ниж. Зараца, Мал. Крицыно. В том же месяце вступил в должность начальника штаба дивизии. В феврале 1943 г. она провела частную операцию по захвату плацдарма на р. Ока в районе Городище Орловской обл. В ходе Орловской наступательной операции с 6 августа полковник В. А. Кувшинников вступил во временное командование дивизией и участвовал с ней в Брянской наступательной операции. За боевые отличия на Брянском фронте в этой должности он был награжден орденами Отечественной войны 1-й ст. (12.08.1943) и Суворова 2-й ст. (22.09.1943). С прибытием из госпиталя нового комдива полковника В. А. Коновалова с 23 сентября В. А. Кувшинников был переведен на должность начальника штаба 80-го стрелкового корпуса. Воевал с ним на Центральном (с 8 октября), Белорусском (с 20 октября) и 1-м Белорусском (с 24 февраля 1944 г.) фронтах. Участвовал в Гомельско-Речицкой, Рогачёвско-Жлобинской, Бобруйской, Минской, Прибалтийской и Рижской наступательных операциях. Приказом по войскам 1-го Белорусского фронта от 20.7.1944 генерал-майор В. А. Кувшинников был награжден орденом Красного Знамени. С октября 1944 г. и до конца войны занимал должность начальника штаба 123-го стрелкового корпуса. Воевал с ним на 3-м и 2-м (с октября) Прибалтийских фронтах в составе 42-й и 1-й ударной армий. Корпус отличился в Рижской наступательной операции, а с выходом к Тукумскому оборонительному рубежу противника активно вел бои по уничтожению его