проходил службу пом. командира и командиром 34-го запасного стрелкового полка 5-й армии в г. Колывань. С августа 1920 г. исполнял должности командира и комиссара 25-го стрелкового полка, затем 86-й стрелковой бригады 29-й стрелковой дивизии в г. Канск. В апреле – сентябре 1921 г. командиром сводной бригады участвовал в подавлении офицерского мятежа в районе Нарым, Сургут, Обдарск, Берёзовск. С декабря 1921 г. занимал должность начальника штаба войск ВЧК Сибири в г. Новониколаевск. В 1928 г. за отличия на фронтах Гражданской войны и в честь 10-летия РККА он был награжден револьвером системы Маузера. После войны в мае 1922 г. назначен начальником 5-й Томской военно-инженерной школы комсостава РККА. С января 1923 г. был командиром и комиссаром 76 -го стрелкового полка 26-й стрелковой дивизии СибВО. В августе направлен на Туркестанский фронт, где пом. командира и командиром 10-го стрелкового Туркестанского полка 4-й стрелковой дивизии принимал участие в ликвидации басмачества в Бухаре. С августа 1924 г. по август 1925 г. находился на учебе на курсах «Выстрел», по окончании которых назначен командиром батальона Харьковской школы червонных старшин. С октября 1926 г. проходил службу в 137-м стрелковом полку 46-й стрелковой дивизии УВО в должности пом. командира полка по хоз. части. В октябре 1927 г. командирован на учебу в Военную академию РККА им. М. В. Фрунзе. После окончания с мая 1930 г. командовал 25-м Черкасским стрелковым полком 9-й Донской стрелковой дивизии. С 30 апреля 1931 г. – командир 38-го Северо-Донецкого стрелкового полка 13-й Дагестанской стрелковой дивизии. В 1930 г. за боевую подготовку он был награжден пистолетом системы Коровина. В марте 1932 г. А. А. Неборак был переведен на Д. Восток на должность начальника штаба 2-й колхозной стрелковой дивизии ОКДВА (ст. Уссури). С апреля 1934 г. вступил в командование 59-й стрелковой дивизией этой же армии (ст. Ипполитовка Дальневосточного края). С апреля по август 1937 г. состоял в распоряжении Управления по начсоставу РККА, затем был назначен старшим преподавателем Военной академии РККА им. М. В. Фрунзе. В марте 1938 г. комбриг А. А. Неборак был арестован органами НКВД и находился под следствием. Решением Военного трибунала 1-й Отдельной Краснознаменной армии от 1.12.1939 оправдан и освобожден из-под стражи. После восстановления в кадрах РККА приказом НКО от 18.1.1940 вновь назначен старшим преподавателем Военной академии РККА им. М. В. Фрунзе, затем с апреля проходил службу в той же должности на кафедре тактики высших соединений Академии Генштаба РККА. В начале Великой Отечественной войны комбриг А. А. Неборак приказом НКО от 2.7.1941 был назначен командиром 9-й стрелковой дивизии народного ополчения Кировского района Москвы. В короткий срок лично произвел призыв и формирование подразделений и частей дивизии (всего было сформировано им четыре полка и шесть специальных частей). Однако по ходатайству Военного совета округа приказом НКО № 01756 от 18.7.1941 комбриг А. А. Неборак был снят с должности как «не справившийся с организацией дивизии и за плохую работу» и состоял в распоряжении ГУК. Предписанием ГУК НКО от 8.11.1941 направлен в распоряжение Военного совета Южного фронта, где назначен врид командира 253-й стрелковой