Через месяц полную амнистию получили «заговорщики» Доможиров и Исаев. Их, как военнослужащих, направили в распоряжение Полевого штаба Реввоенсовета Республики, где они до этого трудились.
После освобождения из-под ареста И. И. Вацетис «состоял в распоряжении Наркомата по военным и морским делам». Через девять месяцев, то есть в 1920 году, работа ему нашлась в стенах Военной академии РККА (с 1925 года Военная академия имени М. В. Фрунзе). Теоретическая и практическая база имелась за его плечами выше всяких похвал. Он читал курс лекций по истории Первой мировой войны, был старшим преподавателем по тактике, состоял для особо важных поручений при Реввоенсовете СССР… Работы для него находилось много. Те, кто слушал его лекции, отзывались о редком по знаниям преподавателе самыми добрыми словами.
Иоаким Иоакимович «окунулся» в научно-исследовательскую работу. Писал много и часто публиковался. Участвовал в дискуссиях по проблемам войны и мира. Подготовил уникальный по своей значимости труд «Что такое военная доктрина будущего». Работу над ним он закончил к сентябрю 1921 года.
Против публикации «спорного» труда опального главкома выступил начальник Политического управления Реввоенсовета С. И. Гусев (Драбкин). Он написал отрицательный отзыв на «сомнительную» рукопись начальнику Военной академии РККА М. Н. Тухачевскому. Книга вышла в свет только в 1923 году, после вмешательства в ее судьбу Троцкого. Реакция на содержание труда, разумеется, была неоднозначной. Но именно этого, думается, и добивался автор, большой специалист в области стратегии.
Заслуги Вацетиса в военно-научной и преподавательской деятельности смотрелись несомненными и высокими. В 1927 году ему присваивается звание «профессор высших военно-учебных заведений РККА». В следующем году в честь 10-летнего юбилея Красной армии за «заслуги в руководстве и личном участии в боевых операциях» получает свой первый орден – Красного Знамени. В 1934 году за преподавательскую деятельность награждается вторым орденом – Красной Звезды. В 1935 году ему присваивается звание командарма 2-го ранга.
Исследователи сходятся в том, что И. В. Сталин испытывал к Вацетису личную неприязнь со времени Гражданской войны, а точнее – с дней обороны Царицына. Но открыто неприязнь не высказывалась. Сталинское окружение об этом знало хорошо и потому научную деятельность преподавателя Военной академии РККА не одобряло. А тот начал писать многотомную историю Гражданской войны, закончив ее первый том под названием «1918 год» в 35-м.
Эта рукопись и решила судьбу И. И. Вацетиса. Попытка издать книгу, хотя бы малым тиражом в академической типографии, встретила резкое возражение начальника научно-исследовательского отдела академии Н. А. Теленского, ознакомившегося с содержанием рукописи. 17 ноября между ними состоялся следующий разговор.
Вацетис спросил Теленского: «Почему не издается мой труд „1918 год”?»
Теленский ответил: «Ваш труд носит мемуарный