октябре 1606 года началась осада Москвы. Скопин-Шуйский участвовал в боях всего несколько месяцев, но имидж единственного воеводы, не спасовавшего перед врагом, вознёс его на небывалые высоты. Его почитали и как самого удачливого, и как самого стойкого, и как самого талантливого полководца в царских войсках. Нет ничего удивительного в том, что когда встал вопрос, кто возглавит контрудар у деревни Котлы, выбор пал на Михаила. Царские войска ликовали, болотниковцы пребывали в панике: Пашков, Ляпунов и Сунбулов, не дожидаясь боя, переметнулись на сторону Шуйского, остальные считали дело безнадёжно проигранным. 2 декабря Михаил Скопин-Шуйский лично возглавил атаку. С криком «Нерон и Нарцисс с нами» он врубился в неприятельские позиции и, разорвав строй казаков, обратил их в бегство. Победа была полной и безоговорочной, но война продолжалась. Более того, она разгоралась с новой силой. Отходя к Калуге, Болотников нанёс преследовавшим его войскам ряд поражений, а затем в Туле соединился с армией царевича Петруши. Князь Михаил в этот период не принимал участия в войне. Сразу же после победы у деревни Котлы он отошёл от ратных дел, мотивировав свой поступок тем, что, как каждый уважающий себя великий полководец, он не медля должен приступить к созданию мемуаров, увековечивающих его героические деяния. По прошествии полугода мемуары были закончены и в тот же день уничтожены автором. Благодаря счастливому стечению обстоятельств сохранился отпечаток последней страницы, едва просматривающийся на следующем чистом листе. Мемуары завершались фразой: «Несмотря на всё вышеизложенное, ни мне, ни читателю не могут быть ведомы в полной мере все обстоятельства дела: мне из-за естественной пристрастности суждения, читателю же они недоступны априори».
В мае 1607 года Скопин-Шуйский вернулся в расположение войск царя Василия. Только что понёсшие поражение у Каширы Болотников и Телятевский спешно отходили к Туле, где их ожидал царевич Петруша. Необходимо было преследовать отступавших, уничтожая живую силу противника. Именно эта задача и была поручена Михаилу, назначенному воеводой передового полка. «Жизнь движется быстрее реализма, но романтизм опережает жизнь!» – произнёс князь и устремился в погоню. Болотниковцы были уничтожены почти без остатка. Лишь несколько тысяч казаков добрались до Тулы. 12 июня к Туле подошёл и Скопин-Шуйский. В этот момент на него обрушилась двадцатитысячная армия царевича Петруши. Сражение на реке Воронья близ Тулы вскоре превратилось в кровавую сечу. Михаил, не желая сдавать позиции, бился в первых рядах. Возможно, перед боем он принял что-то или, напротив, долгое воздержание от спиртного дало о себе знать приступами алкогольного галлюциноза, но, так или иначе, обратившийся после сражения к доктору полководец жаловался, что во время схватки со свирепым черноусым казаком, когда тот замахнулся на него огромным палашом, Михаил совершенно явственно услышал голос, как бы доносящийся из боковых частей шлема: «Берегись, маленькая
