В перечень местных налогов и сборов был включен налог на недвижимость. Особо оговаривалось, что при его введении в действие в отдельных регионах (городах Москве и Санкт-Петербурге), городах и районах будет прекращаться действие на этих территориях налогов на имущество предприятий, имущество физических лиц и платы за землю. Предполагалось, что при прекращении действия регионального налога на имущество предприятий будет произведено перераспределение средств соответствующих регионального и местного бюджетов. В частности, выпадающие доходы регионального бюджета в результате прекращения действия налога на имущество предприятий могут быть компенсированы увеличением доли поступлений в этот бюджет подоходного налога с физических лиц. При этом в соответствии с положениями проекта обшей части Кодекса изменения по федеральным, региональным или местным налогам и сборам должны приниматься при утверждении или корректировке соответствующего бюджета.
Формирование рациональной и нейтральной налоговой системы, ее упрощение предполагалось осуществить, отменив налоги, тормозящие либо искажающие побудительные мотивы экономической и инвестиционной деятельности. Налоги, уплачиваемые с валовых поступлений, не учитывают наличия реальной прибыли у предприятия, а также создают кумулятивный эффект – чем больше этапов от начальной до конечной стадии производства продукции, тем больше общая сумма таких налогов. В проекте налогового кодекса предусматривалась поэтапная отмена других налогов, взимаемых с выручки и налогов, имеющих целевое направление использования (налогов на пользователей автомобильных дорог, на содержание жилищного фонда и объектов социально-культурной сферы, транспортного налога, сбора на нужды образовательных учреждений, целевых налогов на содержание милиции, благоустройство территории и ряд иных налогов и сборов).
Конечно, при этом не предполагалась ликвидация дорожных фондов или уменьшение их финансирования. Доходы этих фондов должны были формироваться за счет акцизов на моторное топливо, налогов на владельцев транспортных средств и определенной доли НДС.
Было также предусмотрено отменить налоги, дающие незначительные поступления, а также налоги, взимание которых сопряжено с большими материальными издержками, а контроль за их уплатой затруднен или невозможен. Это, например, налог на операции с ценными бумагами и налог на приобретение транспортных средств.
Рациональность в налоговой системе предполагалось достичь и путем объединения налогов, имеющих сходную налоговую базу и налогоплательщиков. В первую очередь это относится к платежам за право пользования природными ресурсами и акцизам на минеральное сырье, к налогу на реализацию горюче-смазочных материалов и акцизам на моторное топливо, к отчислениям в государственные внебюджетные социальные фонды (кроме Пенсионного фонда).
Суммируя предложения по заложенной в проекте Налогового