Исламская традиция требовала хоронить как можно скорее, но тело Мехмеда II оставалось непогребенным, после того как его тайно перевезли в Стамбул на следующий вечер после смерти, а на третий день возле него зажгли благовонные свечи, чтобы приглушить запах. Караманлы Мехмед-паша попытался осуществить то, что, по его мнению, было последним желанием султана, наследование трона принцем Джемом, а не принцем Баязидом, послав обоим братьям уведомления о смерти Мехмеда: Конья была ближе к столице, чем Амасья, и он надеялся, что Джем прибудет, чтобы потребовать трон, раньше. Но янычары поддерживали Баязида, и уловка Караманлы Мехмеда привела их в ярость. Несмотря на секретность, новость о смерти Мехмеда распространилась, и когда Караманлы Мехмед попытался помешать янычарам вернуться в Стамбул, что им было делать запрещено, они убили его. Его убийство отчетливо показало, что корпус янычар, созданный османскими султанами, чтобы быть им верной охраной и элитными войсками, был чудовищем, которое ставило свои собственные интересы выше интересов своих господ.
Прибытие корпуса в столицу и убийство Караманлы Мехмед-паши вызвало беспокойство и продолжительные массовые беспорядки. Предыдущий великий визирь Исхак-паша, остававшийся в Стамбуле в отсутствие султана, осознал всю важность развертывавшейся драмы. Он написал Баязиду, умоляя того поспешить, и захватил инициативу, провозгласив одиннадцатилетнего сына Баязида, принца Коркуда, регентом до прибытия в столицу его отца. Страх Мехмеда перед распрями в собственной семье был настолько велик в последние годы его правления, что Коркуда держали в Стамбуле, чтобы при случае он мог стать залогом лояльности тех, кто противостоял его деду. Провозглашение Коркуда регентом успокоило мародерство и беспорядки и про-Баязидская группировка сплотилась, чтобы противостоять наступлению Джема. Сторонники Баязида включали двух его зятьев, занимавших влиятельные позиции в правящих кругах: правителя Румелии Херсекзаде Ахмед-пашу и Синан-пашу, правителя провинции Анадолу, которому было отдано распоряжение блокировать дороги между Коньей и столицей. Похоже, что Синан-паша перехватил гонцов, посланных к Джему в Конью неудачливым Караманлы Мехмедом.
Хотя Баязид смог заручиться радушным приемом по приезде в Стамбул, у Джема была сильная поддержка в Малой Азии. Армия Джема двинулась из Коньи к старой столице Османского государства, Бурсе, по всему пути встречая сопротивление сторонников Баязида. Баязид отправлялся из Амасьи, чтобы заявить свои права на престол, с некоторым опасением, но прибыл в Стамбул и был провозглашен султаном 22 мая 1481 года. Набальзамированное тело Мехмеда покоилось во дворце Топкапы, после приезда Баязида его перевезли в его мечеть для похорон. Анонимное и, возможно, современное тем событиям французское письмо, описывающее похоронную процессию, сообщает любопытную деталь – портрет султана везли на крышке