Сечь была расформирована, большинство казаков распущено, а сама крепость уничтожена. В 1787 году Екатерина II вместе с Потёмкиным посетила Крым, где её встречала созданная к её приезду «Амазонская рота»; в том же году было создано «Войско Верных Запорожцев», ставшее впоследствии «Черноморским казачьим войском», а в 1792 году им была пожалована Кубань на вечное пользование, куда казаки и переселялись, основав город Екатеринодар (сегодняшний Краснодар).
Реформы на Дону создали войсковое гражданское правительство по образцу губернских администраций центральной России. В 1771 году к России окончательно было присоединено Калмыцкое ханство.
При Екатерине территория империи была поделена на губернии, многие из которых в практически неизменном виде сохранились до Октябрьской революции. Территория Эстляндии и Лифляндии в результате проведения областной реформы в 1782—1783 годах была разделена на две губернии, – Рижскую и Ревельскую – с учреждениями, уже существовавшими в прочих губерниях России. Также был ликвидирован особый прибалтийский порядок, предусматривавший более обширные, чем у русских помещиков, права местных дворян на труд и личность крестьянина. Сибирь была разделена на три губернии, – Тобольскую, Колыванскую и Иркутскую.
Внедрённые в оборот в 1769 году бумажные деньги – ассигнации – в первое десятилетие своего существования составляли лишь несколько процентов от металлической (серебряной и медной) денежной массы, и играли положительную роль, позволяя государству сократить расходы на перемещение денег в пределах империи. Однако ввиду нехватки денег в казне, ставшей постоянным явлением, с начала 1780-х годов, происходил всё больший выпуск ассигнаций, объём которых к 1796 году достиг 156 млн. руб., а их стоимость обесценилась в 1,5 раза.
В 1768 году была создана сеть городских школ, основанных на классно-урочной системе. Активно открывались училища. При Екатерине было уделено особое внимание развитию женского образования, – в 1764 году были открыты Смольный институт благородных девиц, Воспитательное общество благородных девиц. Академия наук стала одной из ведущих в Европе научных баз. Были основаны обсерватория, физический кабинет, анатомический театр, ботанический сад, инструментальные мастерские, типография, библиотека, архив. 11 октября 1783 года была основана Российская академия.
За время царствования Екатерины в состав страны вошли Северное Причерноморье, Приазовье, Крым, Правобережная Украина, земли между Днестром и Бугом, Белоруссия, Курляндия и Литва. Общее число новых подданных, приобретённых таким образом Россией, достигло 7 миллионов.
Дворянство и горожане. 21 апреля 1785 года были изданы две грамоты: «Грамота на права, вольности и преимущества благородного дворянства» и: «Жалованная